La existencia gris de Rokuro Okajima como oficinista en una gran ciudad cambia por completo cuando es tomado como rehén por una banda de piratas modernos durante un viaje de negocios por el Mar de China Oriental. La tripulación del Black Lagoon está compuesta por Dutch, el duro Capitán, Revy, la maníaca homicida y Benny, el brillante mecánico. Llevado por un incomprensible síndrome de Estocolmo, Rock comprende que tiene más en común con ellos que con el resto de la humanidad y decide permanecer a bordo como traductor y experto en negociación. De esa forma, inicia una nueva vida laboral en la que el día a día es como una película de acción, sus compañeros de trabajo son los peores criminales y hasta es necesario esquivar la ley de vez en cuando, para llevarse algo a la boca.
